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科创生物:分子生物学试剂/试剂盒研发及其产业化

科创生物 / 2024-01-26 12:50:40


现有资源

进展情况

未来计划

Taq及突变体、pfuKODpfu/KOD嵌合体、phusion 聚合酶、MMLVUDGRNase inhibitorBst大片段

已经测试活性,PCRRT-PCRqPCR\RT-qPCR

LA PCRLAMP mix

适合ARMS SNP检测的Taq

适合RT-LAMPBst

结核杆菌荧光PCR试剂盒

完成定型、性能验证、冻干试剂筛选

注册

结核杆菌等温检测试剂盒

完成研发、灵敏度测试

注册

磁珠法核酸提取试剂盒

完成开发

备案

硅胶柱质粒提取试剂盒

完成开发

备案

硅胶柱全血提取试剂盒

完成开发

备案

硅胶柱血斑提取试剂盒

完成开发

备案

硅胶柱石蜡组织FFPE提取试剂盒

完成开发

备案

硅胶柱粪便提取试剂盒

完成开发

备案

硅胶柱拭子提取试剂盒

完成开发

备案

克隆试剂盒

完成开发

DNA marker

完成开发

RNA提取试剂盒

完成开发

备案

痰液前处理试剂

完成开发

备案

结核杆菌提取试剂盒

完成开发

备案

磁珠法病毒核酸提取试剂盒

完成开发

备案

磁珠法细菌核酸提取试剂盒

完成开发

备案

植物DNA提取试剂盒

完成开发

备案

电泳相关试剂

完成开发


核酸直扩提取试剂

完成开发


呼吸道多重荧光PCR



HIV耐药检测试剂盒

性能验证


STR试剂盒

性能验证


POP

性能测试


分子POCT

研发中


蛋白提取

完成开发


核酸酶检测试剂

完成开发


PCR纯化

完成开发


超级感受态细胞

完成开发


算法辅助蛋白质定向进化

研发


酶高通量筛选

研发


SNP微测序

研发



天下武功唯快不破,新冠疫情充分暴露了分子诊断行业速度慢、自动化程度低等弱点。一次PCR实验循环扩增需要耗时1~2个小时,而且不包括样本提取及体系配置时间。核酸检测速度要与病毒赛跑,更快的检测速度可以更早切断病毒传播链条,将病毒传播范围缩到最小。

目前市面上的快速PCR主要是通过以下几个方面得以实现:

①改良温控模块,提升变温速度:一方面,半导体致冷片(Thermo Electric Cooler,TEC)模块随着技术的突破可大幅提升升降温速度,加上算法优化可将PCR反应时间控制在20分钟以内。另外,通过设置温区,让扩增容器或液体在不同温区间来回移动实现扩增反应,也是一种思路。

②改良反应容器(即PCR管):

A. 管壁厚度会直接影响热传导率,极薄的壁厚可优化热传递减少循环时间;

B. 传统PCR管材质为PP,筛选导热更快的材料可以提高热传导速度,有企业及科研院校尝试了硅基、玻璃等导热新材料;

C. 改变PCR管形状增加受热面积,例如赛沛的片状管可提高单位时间热传导效率,其他还有毛细管、微/纳米级微流控流道。

③减小反应体积:PCR反应体积越小,升降温速度更快,精度更高。除了上述改良,更加需要试剂性能的同步提升,快速Taq酶筛选及反应体系优化成为助力快速PCR实现的关键步骤。


快速,必须以不降低性能为前提!

市面上出现了很多恒温扩增的产品,他们以检测速度快、设备成本低为噱头,宣称性能媲美PCR技术。恒温扩增方法,基本都存在灵敏度差、特异性不够的问题,引物设计不如PCR简单,试剂成本也高于PCR试剂。

为了弥补恒温扩增性能的缺点,市面上出现了恒温扩增+CRISPR的组合,加大了成本和复杂度。


还有一些恒温扩增+层析条的组合,这种是损失了灵敏度的做法,但可以做低端市场。


还有一种免提直扩试剂,这种跳过核酸提取(富集)过程,只为追求操作简化和方便,损失了检测灵敏度,对于要求高敏的应用,容易出现假阴性。

无论是检测性能,还是试剂成本(原料的成熟度和价格),PCR都是无可比拟的,目前科技领域还没有发现真正能替代PCR的技术。

至于PCR仪器成本,早已不是问题。一方面制造成本已经大幅度下降,另一方面,IVD行业的商业模式决定了,在试剂用量面前,仪器成本都可忽略不计。

试剂液体保存

传统 PCR试剂盒一般需要-20℃左右的冷链储运,以确保试剂有效成分的生物活性。冷链运输成本高昂且很多地方无冷链运输条件,另外试剂反复冻融也会影响检测试剂的性能和保质期。

还有一种办法是对PCR试剂进行冻干,但冻干参数和工艺差异,会造成试剂性能参差不齐。另外,试剂冻干本身会提高试剂生产成本。

目前业内已有厂家开发出常温或4℃液体保存的PCR试剂,通过筛选合适的酶或对酶进行改造修饰,以及改进其他组分的稳定性,使其在不影响性能的前提下可以实现液体保存。


多重

多种病原体或目标基因在同一反应管内同时检出,将大大节省时间和试剂成本,为临床提供更多更准确的诊断信息。想要诊断出病人感染的具体病原体,传统PCR试剂盒每次只能检测1~3靶标,若检测为阴性,则需要更换检测其他靶标的PCR试剂盒,这样效率就大大降低,异常盲目,俗称“大海捞针”。要做到更快确诊、鉴别诊断和排除诊断,就要采用多重检测技术。

多重检测技术的实现,可以通过提高仪器荧光通道数、熔解曲线、芯片杂交、mNGS等方法来实现。


产品开发趋势

产品开发与应用场景是紧密关联的,临床分子诊断与其他应用相比有极大的区别,临床分子诊断行业想要真正发展起来,必须要洞察临床应用场景的终端需求,才能开发最符合临床使用的产品形态。


样本随到随检

制约TAT的一个重要因素,就是样本的上机方式。市面上常见的PCR仪大多数是48/96孔,这种仪器最开始是为科研实验室而设计的,而不是临床实验室。这类仪器适合批量检测,例如:①同一个样本的不同指标,例如基因分型genotyping等;②不同样本的同一个指标,例如新冠大规模筛查、血液感染筛查。


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过去,临床分子诊断场景,因为样本量少,检测指标不多,医院通过凑样本,PCR仪一个星期只开一到两次机,批量上样也能搞定。TAT长达一两周以上,完全不考虑效率。

近些年,情况大为改观。医院各科室开展了各种新的分子指标或检测项目,这对常规48/96孔PCR仪提出了挑战,因为不同指标的扩增反应程序不同,不同指标不可能在一块板子上同步实现扩增反应!病人采样时间随机、检测指标多样化,检测想要做到及时性,48/96孔板检测方式非常不灵活。

摒弃48/96孔板,才能做出更符合临床分子诊断要求的产品!就像生化、化学发光免疫一样,随来随检、急诊样本优先,才能提高样本的处理效率。最早免疫也采用96孔板为主,包括ELISA和板式发光,现在除了在传染病筛查领域还有应用之外,已经基本被淘汰了。

目前市面上95%的PCR仪器设备都是48/96孔,势必也会被淘汰!

便携,小型化

2021年8月《新型冠状病毒核酸快速检测临床规范化应用专家共识》中提到“样本检测全过程所需时间明显缩短,且仪器小型化(部分检测系统实现便携式),具有或不具有核酸提取、扩增检测一体化的特点”。

便携小型化仪器需求场景:

① 分级诊疗,一些社区门诊、二级医院、乡镇卫生院等也需要进行分子诊断,但是这些基层医疗机构专业人员欠缺,且医务人员较少;

② 急诊场景,临床检验标本的采集和送检花费了大量时间,如何能最大限度缩短TAT就成为制约急诊医学快速诊断、快速治疗的关键因素;

③ 边境出入境检疫,进出口货物量的增加加大了边境出入境检疫的工作量,同时新型病毒不断出现,增加了检疫的难度,稍有疏忽就会造成严重的经济损失;

除此以外机场、高铁站、港口等人员密集且流动性大的场所以及野战医院等都需要便携、小型化、适度通量、操作简便的分子诊断仪器。

分子POCT

分子POCT省去标本在实验室检验时的复杂处理程序,在采样现场即可进行样本分析,快速得到检验结果。通常具备系统集成化、小巧便携、操作简易、快速、密闭、适用于多种场景等特点。李克强总理在2020年两会期间提出要尽快研发出无需实验室环境、检测时间更短、手段更便捷、准确率更高、更安全的核酸检测迭代技术。


这是近年来国内外最为热门的领域!国际上有一些分子POCT玩家,市场上认可度比较高的有:赛沛GeneXpert、生物梅里埃 Filmarray,这两家企业在2021年分别销售35亿美元和12.6亿欧元,虽然销售价格昂贵,但因为产品性能和使用简便依然大卖。其他不错的产品还有Roche Liat & GeneMark、QiaStat-dx、Visby,其中Visby是一款无需设备的微流控手持PCR检测卡,操作简捷,30分钟出结果。


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国内这些年至少冒出了50~60家分子POCT企业,但从严格意义上来讲,普遍处于“难产”状态,要么产品还未真正开发出来、要么难以量产、要么成本太高、要么注册难度太大,总之,市面上还没见到能与赛沛GeneXpert相媲美的产品,国产分子POCT产业化还有很长的路要走。


大型全自动流水线,全集成


小型检测设备受制于样本检测通量和自动化程度,市场地位终究只是辅助。IVD行业市场主流还得是大型全自动流水线,其中分子流水线的研发门槛最高,号称行业高地。目前市场基本还是空白,真正的蓝海市场!

全集成,要求核酸检测所有操作全部能自动化完成,中间无需人工操作或干预,包括:自动开闭盖、移液分杯、提取纯化、体系构建、扩增检测。一台机器等于一个PCR实验室。

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IVD行业其他领域,血球、凝血、生化、免疫等都已经实现全自动化,唯独分子诊断因为技术门槛和操作流程复杂性还未完全实现和普及。不同于其他IVD产品,核酸分析因为过于灵敏,对样本交叉污染和气溶胶污染是零容忍的,所以除了高难度的机械结构设计,还对气流控制和模块封闭性有很高的要求,这进一步加大了研发门槛。

市面上比较知名的是Roche Cobas 6800/8800核酸分析系统,该款产品为Blood Screening血液筛查(HBV HIV HCV)而设计开发。

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除了Roche Cobas,市场上也开始零星出现其他流水线,但数量还是极少。后疫情时代,分子诊断终将回归到临床常规检测,这些96孔板为主的流水线,有太多的问题:

① 无法做到样本随到随检,无法应对检测指标的多样性,只能批量检测,应用场景可能仅限于血站和新冠这类筛查性检测;

② 无法解决气溶胶问题,几乎各种试剂耗材、提取、体系构建、扩增都在一个平面上。Roche还算做得不错的,有一定程度分区;国内那些核酸工作站或样本前处理设备,基本都是“大通铺”,一个空间内集成了各种实验操作,设计简直离谱,令人十分愕然,要不是新冠整体阳性率极低,恐怕要出大事;

③ 通量太低。Roche Cobas 6800的通量是 96 results /3 h、864 results/8 h、1440 results/24 h;Cobas 8800的通量是96 results /3 h、1824 results/8 h。整体通量并不算快。国内某发光企业推出的全自动核酸分析系统,100min出第一个结果,200测试/8小时,一小时只能处理25个测试;杭州某公司,通量是32测试/小时。

市场期待样本随机灵活检测、机械结构设计更容易防气溶胶、通量更高的流水线。

 

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