1. **实时荧光定量PCR (Real-time Quantitative PCR, qPCR)**：
- 这种方法用于定量检测样本中病毒的核酸含量，尤其是RNA病毒时，会结合逆转录过程（Reverse Transcription, RT），称为实时荧光定量逆转录PCR (RT-qPCR)。该技术能够监测PCR反应过程中病毒基因序列的扩增情况，并通过荧光信号强度实时反映目标核酸片段的数量。
2. **逆转录PCR (Reverse Transcription PCR, RT-PCR)**：
- 当需要检测RNA病毒时，首先使用逆转录酶将病毒RNA转化为cDNA，然后通过常规PCR或者实时定量PCR进行扩增和检测。
3. **多重PCR (Multiplex PCR)**：
- 可以同时检测多个不同的病毒基因片段，一次实验即可完成多种病原体或同一病原体不同基因位点的检测。
4. **数字PCR (Digital PCR, dPCR)**：
- 通过将样品分割成数万个单独的微反应室进行PCR扩增，直接计数阳性反应单元，实现绝对定量而不依赖于标准曲线。
5. **巢式PCR (Nested PCR)**：
- 两轮PCR扩增过程，第一轮PCR扩增得到初步产物，第二轮使用内部引物进一步扩增，提高检测灵敏度和特异性。
6. **宏基因组测序 (Metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)**：
- 不依赖于预先知道的目标序列，通过对样本中存在的所有核酸进行高通量测序，然后比对数据库来鉴定未知或已知病毒。
7. **原位杂交 (In Situ Hybridization, ISH)**：
- 利用标记的核酸探针与固定在组织切片或其他载体上的病毒核酸进行特异性配对，通过显色或荧光信号来定位病毒基因的存在。
8. **基于CRISPR-Cas系统的检测方法**：
- 如CRISPR-based diagnostics (如SHERLOCK和DETECTR)，利用CRISPR-Cas系统对靶标核酸的高度特异性和敏感性进行快速检测。
这些方法在临床诊断、流行病学调查、病毒变异研究以及药物研发等领域都发挥着重要作用。随着科学技术的发展，新的检测技术和平台也在不断涌现，提高了检测速度、灵敏度和准确性。
